
- •Лекции по Биофизике
- •Содержание
- •I. Термодинамика биологических процессов 10
- •II. Кинетика биологических процессов 20
- •III. Квантовая биофизика 32
- •Введение в биофизику Предмет биофизики
- •История развития биофизики
- •Что изучает биофизика?
- •Раздел 1. Общая биофизика. Включает в себя термодинамику биологических систем, кинетику биологических процессов, фотобиологию и молекулярную биофизику.
- •Раздел II. Биофизика клетки. Предметом данного раздела являются принципы организации и функционирования живой клетки и ее фрагментов, биологических мембран.
- •Особенности биофизических методов
- •I. Термодинамика биологических процессов Основные понятия термодинамики.
- •Законы термодинамики
- •Неравновесная термодинамика
- •II. Кинетика биологических процессов Введение
- •Молекулярность и порядок реакции
- •Кинетика реакции нулевого порядка
- •Кинетика прямой реакции первого порядка
- •Кинетика обратимой реакции первого порядка
- •Кинетика реакции второго порядка
- •Сложные реакции
- •Зависимость скорости реакции от температуры
- •Кинетика ферментативного катализа
- •III. Квантовая биофизика Классификация и стадии фотобиологических процессов
- •Природа света и его физические характеристики. Понятие кванта. Орбитальная структура атомов и молекул и энергетические уровни.
- •Взаимодействие света с веществом
- •Пути размена энергии возбужденного состояния молекулы
- •Люминесценция (флюоресценция и фосфоресценция), ее механизмы, законы и методы исследования.
- •Миграция энергии. Виды и условия миграции. Правила Ферстера
- •Фотохимические реакции. Законы фотохимии
- •IV. Молекулярная биофизика Предмет молекулярной биофизики
- •Методы исследования биомакромолекул
- •2. Термодинамические исследования
- •3. Оптические (спектральные) методы
- •Силы внутримолекулярного взаимодействия биомакромолекул
- •II. Водородные связи (заряд – дипольные взаимодействия)
- •Пространственная структура белка
- •V. Структура и функции биомембран Введение
- •Функции биологических мембран
- •Химический состав мембран
- •Липид-липидные взаимодействия. Динамика липидов в мембране
- •Белки мембраны и их функции
- •Модель биологических мембран
- •Сигнальная функция биологических мембран
- •VI. Транспорт веществ через мембраны Введение
- •Классификация видов транспорта
- •1. Относительно изменения энергии в процессе переноса веществ транспорт подразделяется на активный и пассивный.
- •2. Относительно количества переноса веществ через мембрану выделяют:
- •Методы изучения транспорта
- •Пассивный транспорт и его виды
- •Активный транспорт
- •VII. Пассивные электрические свойства биологических объектов Общие положения
- •Действие постоянного электрического тока на биологические объекты. Эдс поляризации
- •Статическая и поляризационная емкость
- •Виды поляризации в биологических тканях
- •Проводимость биологических объектов для переменного тока
- •VIII. Биофизика электровозбудимых тканей. Электрогенез Общие положения
- •Электродный потенциал
- •Диффузионный потенциал
- •Доннановское равновесие
- •Ионная теория электрогенеза Бернштейна
- •Теория постоянного поля и потенциал покоя (пп)
- •Потенциал действия (пд)
- •Современные методы регистрации биопотенциалов
- •Ионная природа потенциала действия (пд). Формальное описание ионных токов
- •Проведение возбуждение по нервным волокнам
- •IX. Биофизика синаптической передачи Общие положения
- •Электрические синапсы
- •Химический синапс
- •Основные положения о судьбе медиатора в химическом синапсе (Шеррингтон, 1897 г.)
- •X. Биофизика сокращения Введение
- •Скелетные мышцы
- •Молекулярные механизмы мышечного сокращения
- •Биомеханика скелетной мышцы
- •Миокард
- •Гладкая мускулатура
- •XI. Биофизика кровообращения Введение. Классификация сосудистого русла
- •Работа сердца как насоса
- •Энергетика кровообращения
- •Основные положения гемодинамики. Закона Гагена –Пуазейля
- •Применимость закона Гагена –Пуазейля
- •XII.Биофизика дыхания Введение
- •Основные объемы и емкости легкого
- •Основной уравнение биомеханики дыхания. Уравнение Родера
- •Работа дыхания
- •XIII. Биофизика всасывания и выделения Введение
- •Ассиметричный эпителий и его функции
- •Методы изучения трансцеллюлярного транспорта.
- •XIV. Биофизика анализаторов Общие положения
- •Орган зрения
- •Орган слуха
- •Список используемой литературы
- •Лекции по биофизике Учебно-методическое пособие
Неравновесная термодинамика
Выше изложенные положения классической (равновесной) ТД верны для изолированных и закрытых систем и описывают системы, находящиеся в состоянии термодинамического равновесия.
Неравновесная термодинамика подразделяется на линейную и нелинейную.
Линейная рассматривает процессы, протекающие вблизи равновесия.
Нелинейная – вдали от него.
Уравнение Пригожина и его анализ:
Уравнение Пригожина позволяет решить вопрос применимости второго закона термодинамики к открытым системам.
Согласно II-му закону ТД:
Пригожин предложил разбить общее изменение энтропии на два слагаемых:
,
где
-
изменение энтропии за счет обмена
энергией и веществом с внешней средой,
-изменение
энтропии за счет протекающих в системе
необратимых процессов, и оно всегда
больше нуля:
0.
В
стационарном состоянии, если
,
то
.
Если изменение энтропии за счет необратимых процессов всегда больше нуля, то свободная энергия Гиббса связана с выражением:
В результате возможно осуществление нескольких вариантов:
1)
Если
,
то и
;
2)
Если
,
а
,
то
,
3)
Если
,
а
,
то
.
Последний
вариант является лишь кажущимся
отклонением от II-го закона
термодинамики, так как процесс обмена:
идет заведомо против градиента и
осуществляется за счет внешних сил,
т.е. работа совершается над системой.
Это просто следствие некорректной
формулировки – открытую систему в этом
случае с точки зрения термодинамики
нельзя изолировать от среды, необходимо
раздвинуть границы и тогда с соблюдением
параметров новой открытой системы -
общее изменение энтропии сменит знак:
.
Неравновесная линейная термодинамика необратимых процессов
Основы неравновесной линейной термодинамики заложены Онзагером и развиты Пригожиным. Согласно ее положениям допускается, что, даже если система в целом не равновесна, каждая из подсистем может находиться в состоянии равновесия (принцип локального равновесия).
Таким образом, неравновесная линейная термодинамика рассматривает процессы вблизи термодинамического равновесия, когда между потоками и силами существует линейная зависимость.
Изменение энтропии в открытых системах
Для
анализа изменений энтропии в открытых
системах вводится понятие локальная
скорость энтропии
в элементарном объёме
.
На основании этого допущения, в неравновесной термодинамике можно использовать основные положения равновесной и тогда изменение энтропии можно считать равным:
,
а так как
,
- то и 0.
Эта
функция универсальна для всех
термодинамических процессов. Например,
для химической реакции она равна:
,
где
-
сродство химической реакции,
а – скорость реакции.
Таким
образом, эта функция, отражающая в общем
случае произведение силы –
на поток –
,
получила название диссипативная функция:
,
Если
в открытой системе протекает
-
процессов, она равна:
.
Таким образом, и в открытой системе протекание термодинамических процессов всегда сопровождаются диссипацией (рассеянием энергии).
Принцип Онзагера
Поток всегда зависит от силы .
Отражая функциональную зависимость, предположим, что:
=
или
.
Функцию
всегда можно разложить в ряд Маклорена
вблизи равновесия (когда
=0),
Ограничиваясь вторым слагаемым ряда (членами высшего порядка можно пренебречь) и считая, что x= 0 – отражает точку равновесия в ней, с учетом того, что вблизи равновесия J(0)=0 и, обозначив J1(0)=L, получим:
=
.
Таким образом вблизи равновесия, возможна линейная связь между потоком и силой (поэтому эту термодинамику называют линейной), а коэффициент L – феноменологическим коэффициентом.
В любой биологической системе постоянно протекают множество процессов, каждый под действием своей силы Х.
Для простоты рассмотрим два процесса:
,
и
,
Естественно, что они влияют друг на друга:
,
.
Онзагер применил
принцип взаимности,
который в линейной термодинамике гласит,
что
,
а так как
,
тогда и
.
Если подставить это уравнение в формулу диссипативной функции, получим основное феноменологическое уравнение линейной неравновесной термодинамики.
Теорема Пригожина
В теореме рассматривается основное свойство стационарного состояния, основной критерий его установления, связанный с состоянием энтропии.
Пусть в системе протекают два необратимых процесса:
и
.
Локальная скорость продукция энтропии для этих процессов складывается из них:
.
Два сопряженных потока (пусть теплоты и вещества) взаимодействуют через коэффициенты:
– поток теплоты,
– поток вещества.
Тогда с учетом принципа Онзагера / /:
Теперь
исследуем на экстремум величину
в стационарном состоянии (поток
вещества
=0).
Для этого находим частную производную
от по
при
:
.
Так как в стационарном состоянии все потоки равны нулю, исследуемая функция имеет экстремум.
Для
проверки ее на знак берем вторую
производную от по
при
и она равна
,
а с учетом того, что все коэффициенты L больше нуля, то это минимум.
Таким
образом, функция, которая всегда
,
имеет минимум.
Теорема Пригожина утверждает, что скорость продукции энтропии внутри открытой системы в стационарном состоянии положительна и минимальна.
Она характеризует эволюцию открытой системы вблизи равновесия.
Следствие теоремы Пригожина.
Принцип Ле-Шателье. Если термодинамическую систему вывести из состояния равновесия, в ней возникнут силы и потоки, стремящиеся вернуть систему в исходное состояние равновесия.
Нелинейная термодинамика необратимых процессов.
Многие процессы протекают вдали от состояния равновесия, когда отсутствуют линейные связи между скоростями и силами.
Пригожин и Виам создали общую термодинамическую теорию роста и развития организмов.
Основное её положение заключается в следующем:
Развитие
и рост организмов всегда происходит в
направлении достижения стационарного
состояния, что сопровождается уменьшением
скорости продукции энтропии. То есть в
линейной термодинамике основным
всё же является утверждение:
,
что определяет состояние системы
В нелинейной термодинамике продукция энтропии состоит из двух составляющих:
при
постоянстве потоков
и
.
Таким
образом, основное неравенство нелинейной
термодинамики:
отражает универсальный эволюционный
критерий открытой системы вдали от
равновесия. Условие устойчивости
отражают флуктуации системы.
Флуктуации
могут быть как положительными:
,
так и отрицательными:
.
В стационарном состоянии положительные флуктуации быстро исчезают за счет стремления скорости продукции энтропии к минимуму.
Отрицательные флуктуации являются следствием неустойчивости стационарного состояния системы и приведут к стационарному состоянию с уменьшенной энтропией (это эволюция).
В индивидуальном развитии организма есть три такие стадии:
– оогенез;
– регенерация;
– злокачественный рост.