
- •Часть I. Общая микробиология 17
- •Глава 1. Введение в микробиологию
- •Глава 2. Морфология и классификация
- •Глава 3. Физиология микробов 50
- •Глава 4. Экология микробов — микроэкология...82
- •Глава 5. Генетика микробов (м.Н. Бойченко).. 104
- •Глава 6. Биотехнология.
- •Глава 7. Противомикробные препараты
- •Глава 8. Учение об инфекции (а.Ю. Миронов, ю.В. Несвижский, д. Н. Нечаев) 136
- •Часть II. Общая иммунология 183
- •Глава 9. Учение об иммунитете и факторы неспецифической резистентности
- •Глава 10. Антигены и иммунная система
- •Глава 11. Основные формы иммунного реагирования
- •Глава 12. Особенности иммунитета
- •Глава 13. Иммунодиагностические реакции и их применение
- •Глава 14. Иммунопрофилактика
- •Часть III. Частная микробиология.. 310
- •Глава 15 Микробиологическая и иммунологи ческая диагностика (а.Ю Миронов) 310
- •Глава 16. Частная бактериология 327
- •Глава 17. Частная вирусология 520
- •Глава 18. Частная микология 616
- •Глава 19. Частная протозоология
- •Глава 20. Клиническая микробиология
- •Часть I.
- •Глава 1. Введение в микробиологию и иммунологию
- •1.2. Представители мира микробов
- •1.3. Распространенность микробов
- •1.4. Роль микробов в патологии человека
- •1.5. Микробиология — наука о микробах
- •1.6. Иммунология — сущность и задачи
- •1.7. Связь микробиологии с иммунологией
- •1.8. История развития микробиологии и иммунологии
- •1.8.1. Эвристический период
- •1.8.2. Морфологический период
- •1.8.3. Физиологический период
- •1.8.4. Иммунологический период
- •1.8.5. Молекулярно-генетический период
- •1.9. Вклад отечественных ученых в развитие микробиологии и иммунологии
- •1.10. Зачем нужны знания микробиологии и иммунологии врачу
- •Глава 2. Морфология и классификация микробов
- •2.1. Систематика и номенклатура микробов
- •2.2. Классификация и морфология бактерий
- •2.2.1. Формы бактерий
- •2.2.2. Структура бактериальной клетки
- •2.3. Строение и классификация грибов
- •2.4. Строение и классификация простейших
- •2.5. Строение и классификация вирусов
- •Глава 3. Физиология микробов
- •3.1.2. Ферменты бактерий
- •3.1.4 Конструктивный метаболизм
- •3.1.5. Энергетический метаболизм
- •3.1.6. Отношение бактерий к кислороду
- •3.1.8. Условия культивирования бактерий
- •3.2. Особенности физиологии грибов и простейших
- •3.3. Физиология вирусов
- •3.3.1. Репродукция вирусов
- •3.3.3. Интегративный тип взаимодействия вирусов с клеткой (вирогения)
- •3.4. Культивирование вирусов
- •3.5. Бактериофаги (вирусы бактерий)
- •Глава 4. Экология микробов - микроэкология
- •4.1. Распространение микробов в окружающей среде
- •4.1.1. Микрофлора почвы
- •4.1.2. Микрофлора воды
- •4.1.3. Микрофлора воздуха
- •4.1.5. Микрофлора растительного лекарственного сырья, фитопатогенные микробы
- •4.1.6. Микрофлора производственных, бытовых и медицинских объектов
- •4.2. Микрофлора организма человека
- •4.2.1. Значение микрофлоры организма человека
- •4.2.2. Дисбактериоз
- •4.3. Влияние факторов окружающей среды на микробы
- •4.3.1. Влияние физических факторов
- •4.3.2. Влияние химических веществ
- •4.4 Уничтожение микробов в окружающей среде
- •4.4.1. Стерилизация
- •4.4.2. Дезинфекция
- •4.4.3. Асептика и антисептика
- •4.5. Санитарная микробиология
- •4.5.1. Микробиологический контроль почвы, воды, предметов обихода
- •4.5.2. Микробиологический контроль воздуха
- •4.5.3. Микробиологический контроль продуктов питания
- •4.5.4. Микробиологический контроль лекарственных средств
- •Глава 5. Генетика микробов
- •5.1. Строение генома бактерий
- •5.1.2. Плазмиды бактерий
- •5.1.3. Подвижные генетические элементы
- •5.2. Мутации у бактерий
- •5.3. Рекомбинация у бактерий
- •5.3.1. Гомологичная рекомбинация
- •5.3.2. Сайт-специфическая рекомбинация
- •5.4. Передача генетической информации у бактерий
- •5.4.2. Трансдукция
- •5.4.3. Трансформация
- •5.5. Особенности генетики вирусов
- •5.6.1. Рестрикционный анализ
- •5.6.2. Метод молекулярной гибридизации
- •5.6.3. Полимеразная цепная реакция
- •Глава 6. Биотехнология. Генетическая инженерия
- •6.1. Сущность биотехнологии. Цели и задачи
- •6.2. Краткая история развития биотехнологии
- •6.3. Микроорганизмы и процессы, применяемые в биотехнологии
- •6.4. Генетическая инженерия и область ее применения в биотехнологии
- •Глава 7. Противомикробные препараты
- •7.1. Химиотерапевтические препараты
- •7.1.1. Антибиотики
- •7.1.1.1. Источники и способы получения антибиотиков
- •7.2. Механизмы действия противомикроб-ных химиопрепаратов
- •7.3. Осложнения при антимикробной химиотерапии
- •7.4. Лекарственная устойчивость бактерий
- •7.5. Основы рациональной антибиотикотерапии
- •7.6. Противовирусные средства
- •7.7. Антисептические и дезинфицирующие вещества
- •Глава 8. Учение об инфекции
- •8.1. Инфекционный процесс и инфекционная болезнь
- •8.1.2. Стадии и уровни инфекционного процесса
- •8.1.3. Понятие об инфекционной болезни
- •8.2. Свойства микробов — возбудителей инфекционного процесса
- •8.3. Свойства патогенных микробов
- •8.3.1. Факторы патогенности микробов
- •8.3.2. Токсины бактерий
- •8.3.3. Генетическая регуляция факторов патогенности
- •8.4. Влияние факторов окружающей среды на реактивность организма
- •8.4.2. Влияние биологических и социальных факторов окружающей среды на реактивность макроорганизма
- •8.5. Характерные особенности инфекционных болезней
- •8.6. Формы инфекционного процесса
- •8.7. Особенности формирования патоген-ности у вирусов. Формы взаимодействия вирусов с клеткой. Особенности вирусных инфекций
- •8.8. Понятие об эпидемическом процессе
- •8.8.1. Эколого-эпидемиологическая классификация инфекционных болезней
- •ЧаСть II.
- •Глава 9. Учение об иммунитете и факторы неспецифической резистентности
- •9.1. Введение в иммунологию
- •9.1.1. Сущность и роль иммунитета
- •9.1.2. Иммунология как общебиологическая и общемедицинская наука
- •9.1.3. История развития иммунологии
- •9.1.4. Достижения иммунологии в медицине
- •9.1.5. Основные принципы и механизмы функционирования иммунной системы
- •9.1.6. Виды иммунитета
- •9.2. Факторы неспецифической резистентности организма
- •9.2.1. Кожа и слизистые оболочки
- •9.2.2. Физико-химическая защита
- •9.2.3. Иммунобиологическая защита
- •9.2.3.1. Фагоцитоз
- •9.2.3.2. Тромбоциты
- •9.2.3.3. Комплемент
- •9.2.3.4. Лизоцим
- •9.2.3.5. Интерферон
- •9.2.3.6. Защитные белки сыворотки крови
- •Глава 10. Антигены и иммунная система человека
- •10.1.1. Общие представления
- •10.1.2. Свойства антигенов
- •10.1.2.1. Антигенность
- •10.1.2.2. Иммуногенность
- •10.1.2.3. Специфичность
- •10.1.4. Антигены организма человека
- •10.1.4.1. Антигены групп крови человека
- •10.1.4.2. Антигены гистосовместимости
- •10.1.4.3. Опухольассоциированные антигены
- •10.1.4.4. Cd-антигены
- •10.1.5. Антигены микробов
- •10.1.5.1. Антигены бактерий
- •10.1.5.2. Антигены вирусов
- •10.2. Иммунная система человека
- •10.2.1. Структурно-функциональные элементы иммунной системы
- •10.2.1.1. Центральные органы иммунной системы
- •10.2.1.2. Периферические органы иммунной системы
- •10.2.1.3. Клеточные популяции иммунной системы
- •10.2.1.3.1. Лимфоциты
- •10.2.1.3.1.1. В-лимфоциты
- •10.2.1.3.1.2. Т-лимфоциты
- •10.2.1.3.1.2.1. Т-хелперы
- •10.2.1.3.1.2.2. Т-киллеры
- •10.2.1.3.1.2.3. Естественные киллеры
- •10.2.1.3.2. Другие клетки иммунной системы
- •10.2.2. Организация функционирования иммунной ситемы
- •10.2.2.1. Взаимодействие клеток иммунной системы
- •10.2.2.2. Активация иммунной системы
- •10.2.2.3. Супрессия иммунного ответа
- •10.2.2.4. Онтогенез клональной структуры иммунной системы
- •Глава 11. Основные формы иммунного реагирования
- •11.1. Антитела и антителообразование
- •11.1.1. Природа антител
- •11.1.2. Молекулярное строение антител
- •11.1.3. Структурно-функциональные особенности иммуноглобулинов различных классов
- •11.1.5. Механизм взаимодействия антитела с антигеном
- •11.1.6. Свойства антител
- •11.1.7. Генетика иммуноглобулинов
- •11.1.8. Динамика антителопродукции
- •11.1.9. Теории разнообразия антител
- •11.2. Иммунный фагоцитоз
- •11.3. Опосредованный клетками киллинг
- •11.3.1. Антителозависимая клеточно-опосредованная цитотоксичность
- •11.3.2. Антителонезависимая клеточно-опосредованная цитотоксичность
- •11.4. Реакции гиперчувствительности
- •11.5. Иммунологическая память
- •11.6. Иммунологическая толерантность
- •Глава 12. Особенности иммунитета
- •12.1. Особенности местного иммунитета
- •12.2. Особенности иммунитета при различных состояниях
- •12.3. Иммунный статус и его оценка
- •12.4. Патология иммунной системы
- •12.5. Иммунокоррекция
- •Глава 13. Иммунодиагностические реакции и их применение
- •13.1. Реакции антиген—антитело
- •13.2. Реакции агглютинации
- •13.3. Реакции преципитации
- •13.4. Реакции с участием комплемента
- •13.5. Реакция нейтрализации
- •13.6. Реакции с использованием меченых антител или антигенов
- •13.6.2. Иммуноферментный метод, или анализ (ифа)
- •Глава 14. Иммунопрофилактика и иммунотерапия
- •14.1. Сущность и место иммунопрофилактики и иммунотерапии в медицинской практике
- •14.2. Иммунобиологические препараты
- •Часть III
- •Глава 15. Микробиологическая и иммунологическая диагностика
- •15.1. Организация микробиологической и иммунологической лабораторий
- •15.2. Оснащение микробиологической и иммунологической лабораторий
- •15.3. Правила работы
- •15.4. Принципы микробиологической диагностики инфекционных болезней
- •15.5. Методы микробиологической диагностики бактериальных инфекций
- •15.6. Методы микробиологической диагностики вирусных инфекций
- •15.7. Особенности микробиологической диагностики микозов
- •15.9. Принципы иммунологической диагностики болезней человека
- •Глава 16. Частная бактериология
- •16.1. Кокки
- •16.2. Палочки грамотрицательные факультативно-анаэробные
- •16.3.6.5. Ацинетобактер (род Acinetobacter)
- •16.4. Палочки грамотрицательные анаэробные
- •16.5. Палочки спорообразующие грамположительные
- •16.6. Палочки грамположительные правильной формы
- •16.7. Палочки грамположительные неправильной формы, ветвящиеся бактерии
- •16.8. Спирохеты и другие спиральные, изогнутые бактерии
- •16.12. Микоплазмы
- •16.13. Общая характеристика бактериальных зоонозных инфекций
- •Глава 17. Частная вирусология
- •17.3. Медленные вирусные инфекции и прионные болезни
- •17.5. Возбудители вирусных острых кишечных инфекций
- •17.6. Возбудители парентеральных вирусных гепатитов в, d, с, g
- •17.7. Онкогенные вирусы
- •Глава 18. Частная микология
- •18.1. Возбудители поверхностных микозов
- •18.2. Возбудители эпидермофитии
- •18.3. Возбудители подкожных, или субкутанных, микозов
- •18.4. Возбудители системных, или глубоких, микозов
- •18.5. Возбудители оппортунистических микозов
- •18.6. Возбудители микотоксикозов
- •18.7. Неклассифицированные патогенные грибы
- •Глава 19. Частная протозоология
- •19.1. Саркодовые (амебы)
- •19.2. Жгутиконосцы
- •19.3. Споровики
- •19.4. Ресничные
- •19.5. Микроспоридии (тип Microspora)
- •19.6. Бластоцисты (род Blastocystis)
- •Глава 20. Клиническая микробиология
- •20.1. Понятие о внутрибольничной инфекции
- •20.2. Понятие о клинической микробиологии
- •20.3. Этиология вби
- •20.4. Эпидемиология вби
- •20.7. Микробиологическая диагностика вби
- •20.8. Лечение
- •20.9. Профилактика
- •20.10. Диагностика бактериемии и сепсиса
- •20.11. Диагностика инфекций мочевыводящих путей
- •20.12. Диагностика инфекций нижних дыхательных путей
- •20.13. Диагностика инфекций верхних дыхательных путей
- •20.14. Диагностика менингитов
- •20.15. Диагностика воспалительных заболеваний женских половых органов
- •20.16. Диагностика острых кишечных инфекций и пищевых отравлений
- •20.17. Диагностика раневой инфекции
- •20.18. Диагностика воспалений глаз и ушей
- •20.19. Микрофлора полости рта и ее роль в патологии человека
- •20.19.1. Роль микроорганизмов при заболеваниях челюстно-лицевой области
8.3.3. Генетическая регуляция факторов патогенности
Патогенность бактерий носит полиде-терминантный характер и контролируется группой генов. Большинство генетических детерминант факторов патогенности располагается на хромосомах отдельными кластерами из функционально связанных групп генов. Эти последовательности отличаются от большей части генома, что позволило выдвинуть предположение об их чужеродном происхождении. Подобные им структуры были также найдены на плазмидах.
При этом наблюдается своеобразное разделение функций между хромосомой и плаз-мидами. Например, у шигелл и энтероинва-зивных кишечных палочек плазмидные гены обуславливают взаимодействие возбудителей с эпителием, а хромосомные — существование и размножение бактерий в просвете кишки и тканях. Эти данные позволили выдвинуть концепцию о ведущей роли «островов» (islands) или «островков» (islets) патогенности и системе секреции факторов патогенности 3-го типа.
Под «островками» патогенности принято понимать как не стабильные, так и стабильные участки ДНК, обнаруженные только у патогенных бактерий, включающие дискретные (разобщенные, состоящие из отдельных групп) гены вирулентности. Они отсутствуют у непатогенных близкородственных видов.
Эти фрагменты ДНК отличаются по процентному содержанию G+C от основного генома, фланкированы малыми прямыми повторами нуклеотидных последовательностей. Такие «островки» патогенности нередко несут криптические или функционирующие гены фаговых интеграз, транспозаз и других фрагментов транспозонов или IS-элемен-тов, относимых к мобильным генетическим элементам. Структурная организация «островков» может быть различной, так как гены вирулентности часто включены в состав транспозонов, IS-элементов или генома бактериофагов. Детерминанты «островков» патогенности способны распространяться среди одного или родственных видов бактерий путем конъюгации, трансдукции и трансформации. Интеграция, стабилизация и экспрессия этих генов лежат в основе формирования новых свойств, в том числе вирулентных, у родственных непатогенных видов. Известны «островки» патогенности, несущие гены ад-гезинов, инвазинов, различного типа токсинов, генов лекарственной устойчивости, белков системы секреции и т. д.
Прежде чем достичь своей потенциальной мишени, факторы патогенности преодолевают два основных барьера — цитоплазмати-ческую мембрану и клеточную стенку микробов-продуцентов. При этом большая часть их после секреции становится функционально активной. Поэтому большое значение придают системе секреции третьего типа.
Система секреции 3-го типа ответственна за одноэтапный транспорт эффекторных молекул патогенности из цитоплазмы бактерий в цитозоль эукариотической клетки макроорганизма, где они осуществляют модификацию цитоплазматических белков поражаемых клеток макроорганизма.
Данная система также обеспечивает сборку на поверхности бактериальной клетки супермолекулярных структур, участвующих в транспорте протеинов в эукариотическую клетку макроорганизма. Секреция эффекторных белков данной системой происходит непосредственно после контакта возбудителя с
клеткой хозяина, поэтому ее называют контакт-зависимой системой секреции.
«Островки» патогенности могут включать несколько различающихся фрагментов. Экспрессия генов вирулентности носит ин-дуцибельный характер и зависит от условий внешней среды, вне- или внутриклеточного расположения возбудителя. Описано несколько систем регуляции фенотипического проявления факторов патогенности у бактерий. Гены, детерминирующие их синтез, обычно репрессированы. Включение или выключение их происходит под действием сигналов, поступающих из внешней среды. Такими сигналами являются изменившийся биохимический состав среды, ее рН, температура, осмотическое давление и т. д. Микробы адаптируются к новым условиям и в зависимости от своего внутри или внеклеточного расположения изменяют свой метаболизм. Обычно они используют один или несколько из этих сигналов для того, чтобы понять, в какой микросреде и на какой стадии развития инфекционного процесса они находятся. Например, гены инвазии обычно включаются на ранней стадии инфекционного процесса, но подавляются, когда бактерии проникают в клетку. Процесс адаптации микроба к новым, меняющимся условиям контролируется двухкомпонентными регуляторными системами. Эти системы состоят из двух типов белков: сенсорного белка клеточной мембраны, воспринимающего и передающего сигналы из внешней среды внутрь клетки, и регуля-торного цитоплазматического белка, который непосредственно регулирует транскрипцию генов хромосомы и плазмиды, являясь активатором или репрессором транскрипции. Внутриклеточный домен сенсорного белка представлен гистидинкиназой. В качестве соответствующего сигнала может выступать аутофосфорилирование сенсора. Перенос фосфат-остатка на аминогруппу белка-регулятора изменяет способность последнего связывать специфические последовательности ДНК, с которых инициируется транскрипция. Эти последовательности содержат консервативные начальные участки для связывания с белком-регулятором. Включение и активация группы вирулентных генов (регулона) на об-
щий сигнал происходит в несколько стадии и носит каскадный принцип. В ряде случаев каждый из этих генов может экспрессиро-ваться независимо.
Помимо двухкомпонентных регуляторных систем существуют также системы регуляторов транскрипции. Наиболее полно изучено Аго А-семейство регуляторов транскрипции, получивших свое название благодаря продукту ага С гена Е. coli, контролирующего функцию арабинозного оперона. Белки этой группы содержат изгибы, которые связываются с началом специфических ДНК-фрагментов генов, что активирует транскрипцию последних.
К регуляторному механизму относят также топологию ДНК, рассматриваемую в качестве глобальной регуляторной системы, используемой и для экспрессии вирулентности. Реализуется указанное через топоизомеразы и гистоноподобные ДНК-связывающие белки, регулирующие уровень суперскрученности молекулы и реагирующие на определенные сигналы извне. Эти же сигналы влияют на транскрипцию соответствующих генов.
Все эти механизмы регуляции взаимосвязаны между собой. Значимость каждого из них постоянно меняется.
Нестабильность «островков» патогенности, как и их стабильность, способна создать бактериям определенные адаптивные преимущества. Высокая вирулентность может оказаться невыгодной для бактерий на определенной стадии инфекционного процесса. Нестабильность «островков» патогенности будет способствовать снижению вирулентности всей популяции возбудителя инфекции. Их делеция может усилить экспрессию других, рядом расположенных генов.
В то же время отдельные факторы патогенности являются адаптивными для бактерий, поэтому должны кодироваться - на стабильных «островках» патогенности. Чужеродность последних придает им большую стабильность, так как чужеродная ДНК, интегрированная в хромосому, не вовлекается в рекомбинацию с ДНК близкородственных микроорганизмов, поэтому они могут длительно поддерживаться в бактериальных популяциях.
Циклические фенотипические или моди-фикационные изменения вирулентности про-
исходят при смене организменной и внеорга-низменной стадии существования микробов. В иммунном организме и вне организма сохраняются маловирулентные резервационные штаммы. Попадая в макроорганизм, из них формируются высоковирулентные эпидемические штаммы. По мере формирования иммунитета из последних снова происходит формирование резервационных штаммов. Стойкие изменения вирулентности возникают в случае мутаций и рекомбинаций и связаны с изменениями генотипа микроба.
Реорганизация генов, кодирующих факторы патогенности, в ходе инфекционного про-лесса происходит на молекулярном уровне, но на популяционном уровне создаются условия хтя естественного отбора эпидемических, или резервационных, штаммов. Благодаря принципу распознавания кворума бактерии обладают способностью «разговаривать». Кворум генсинг — это химический сигнальный механизм бактерий, благодаря которому, попав в новую среду обитания, они считают себе подобных. Чем больше в округе бактерий, тем больше химических сигналов они выделяют. Чем больше концентрация химического сигнала, тем больше воспринимающих его рецепторов у бактерии работает. В том случае если бактерий много (кворум), они начинают синтезировать факторы патогенности и принимают воинственную вирулентную форму, которая может справиться с иммунной системой макроорганизма. Если же сил не хватает, то армия бактерий будет отсиживаться в засаде и ждать благоприятного момента. Знание механизмов кворум-сесинга позволяет по-новому подойти к лечению инфекционных заболеваний, в том числе вызванных антибиотико-резистен-тными штаммами бактерий.