11. Форма записи результатов молекулярно-цитогенетического анализа согласно международной цитогенетической номенклатуре.

Внедрение методов молекулярной цитогенетики и, в частности, FISH-техники для исследования локализации специфических последовательностей ДНК на цитологических препаратах потребовало разработки специальной номенклатуры для обозначения результатов гибридизации разнообразных ДНК-проб или ДНК-библиотек с метафазными хромосомами, интерфазными ядрами клеток и растянутыми фибриллами хроматина (фибер-FISH).

Символы и сокращения, применяемые в молекулярной цитогенетике:

- - отсутствие определенной хромосомы или сигнала; + - наличие определенной хромосомы или сигнала; ++ - дупликация определенной хромосомы; х - умножение сигнала, указывается перед числом наблюдаемых сигналов; . - точка, отделяет запись кариотипа от результатов гибридизации in situ; ; - точка с запятой, отделяет запись разных проб; ish - гибридизация in situ; amp - амплификация сигнала; con - соединение сигналов; sep - отделение сигналов; sp - расщепление сигнала; dim - уменьшение интенсивности сигнала; enh - увеличение интенсивности сигнала; fib ish - фибер-FISH, анализ локализации ДНК-проб на растянутых фибриллах хроматина; st - стационарный сигнал, т.е. сигнал не изменяющий своего положения; mv - сдвиг сигнала от обычного расположения; nuc ish - гибридизация in situ на интерфазных ядрах; wep - окраска целой хромосомы с помощью хромосомо-специфической ДНК-библиотеки; рср - частичная окраска хромосом с помощью смеси ДНК-проб или ДНК-библиотек, полученных из участков хромосом; rev ish - обратная гибридизация in situ, включая сравнительную геномную гибридизацию.

1) При записи гибридизации in situ на метафазных хромосомах сначала указывается результат стандартного цитогенетического анализа, который отделяется точкой от последующей аббревиатуры ish, обозначающей саму процедуру гибридизации in situ. Далее с пробелом указывается символ структурного нарушения хромосомы с последующим перечислением (в скобках) номера хромосомы, точек повреждения, локуса или локусов для которых были использованы ДНК-пробы, согласно базе данных GDB. Локусы располагаются в порядке их локализации от pter к qter и отделяются друг от друга запятыми. При отсутствии этих локусов в GDB может быть использовано имеющееся наименование пробы. После обозначения локуса указывается его статус, т.е. присутствие (+) или отсутствие (-): 46,XY.ish deI(22)(qll.2qll.2)(D22S75-).

2) Если в результате гибридизации in situ выявлены нормальные хромосомы, то после символа ish, указываются номер хромосомы, а также обозначение региона, сегмента и субсегмента тестируемого локуса или локусов (не в скобках), сопровождаемых указанием в скобках исследуемого локуса со знаком умножения числа наблюдаемых сигналов: 46,XY.ish 22qll(D22S75x2).

3) Если обычный цитогенетический анализ не выполнялся, а проводилась только гибридизация in situ, то дается описание только ее результатов:

ish deI(22)(qll.2qll.2)(D22S75-) - на метафазных хромосомах без предварительного обычного цитогенетического анализа с помощью FISH с использованием ДНК-пробы для локуса D22S75 была выявлена делеция области хромосомы 22, критической для синдрома ДиДжорджи.

4) Для обозначения числа сигналов в ядре сначала используется аббревиатура nuc ish, затем указывается номер хромосомы и сегмент, а в скобках приводится обозначение используемого локуса, знак умножения и число наблюдаемых сигналов:

nuc ish 21q22(D21S65x2) - две копии локуса D21S65.

5) Примеры записи обратной гибридизации, если хромосомный анализ выполнить невозможно, но имеется общая геномная ДНК из какого-то образца ткани:

rev ish dim(18q21q23) - уменьшение хромосомного материала на хромосоме 18 в участке 18q21 -qter;

rev ish enh(7,19p),dim(10),amp(lq31q32,7pl2,7q21) - в исследуемой ткани имеются дополнительные копии хромосом 7 и 19р, уменьшение числа хромосом 10 и амплификация числа копий хромосомных сегментов Iq31-q32, 7p 12 и 7q21.

6) Анализ c помощью CGH числа копий половых хромосом:

rev ish X - имеется одна копия всего .материала Х-хромосомы и отсутствие эухроматина Y-хромосомы;

rev ish enh(X) - имеются три или более копии всего материала Х-ромосомы.

7) Примеры записи обратной гибридизации в случае использования ДНК-библиотек, полученных путем микродиссекции или сортинга хромосом:

47,XX,+mar.rev ish 15q - запись означает, что маркерная хромосома построена из материала 15q;

47,XY,add(5)(pl6).rev ish der(5)t(5;10)(pl6;q22) - перестроенная хромосома включает часть длинного плеча хромосомы 10, транслоцированную в короткое плечо хромосомы 5.