Славакія пад уладай дынастыі Габсбургаў

Пасля паразы пад Мохач ў 1526 годзе на венгерскі трон былі каранаваны адразу два караля - саюзнік турак Янаш Запольяи і аўстрыец Фердынанд I. Пачалася вайна паміж двума бакамі, якая скончылася мірам у Орадя у 1538 годзе. У 1536 сталіцай Венгрыі стала Браціслава, а Эстергомское архібіскупства было перанесена ў Трнаву. У гэты ж час туркі захапілі і паўднёвую Славакію. XVII стагоддзе прайшоў пад сцягам барацьбы дваран з Славакіі з аўстрыйскім імператарам. У 1605 Іштван Бочкай захапіў амаль усю Славакію, у 1606 годзе было падпісана перамір'е. У 1618 Бетлен захапіў ўсходнюю Славакію, а ў 1619 годзе і заходнюю. У 1622 годзе было падпісана перамір'е. У 1643-1645 на тэрыторыі Славакіі ішлі баі паміж габсбургскімі войскамі і мяцежнымі войскамі Дьёрдя I Ракоци. У 1678-1687 Славакія зноў стала арэнай бітваў, на гэты раз з Імрэ Тёкёли, а ў 1703-1711 адбылося апошняе паўстанне - Ферэнца II Ракоци. Адным з удзельнікаў паўстання Ракоци быў славацкая народны герой Юрай Яношик.

У XVIII стагоддзі, Славакія, разбураныя векавой вайной дваран з імператарам, пачала адбудоўвацца. З'явіліся першыя мануфактуры - у Шаштине і Голиче, зноў пачалася здабыча карысных выкапняў. Пазітыўна на эканоміку паўплывалі рэформы Марыі Тэрэзіі і яе сына Язэпа II. У гэты ж час пачынаецца і славацкае адраджэнне - ў 1783 годзе з'яўляецца першая кніга, напісаная на славацкай мове святаром Ігнацы Байзой. У 1790 Бернолак склаў першую граматыку славацкай мовы. Першыя Будзіцелі (галоўным чынам лютэране) прытрымліваліся пункту гледжання, што чэхі і славакі з'яўляюцца адзіным народам. У 1847 Штур кадзіфіцыраваў версію славацкай мовы, блізкую да сучаснай, якая была адобрана двума лагерамі - як каталікамі, так і лютэранамі. Падчас Венгерскай рэвалюцыі 1848-49 Славацкая народная рада заклікала славакаў выступіць са зброяй у руках супраць венграў і падтрымаць аўстрыйцаў.

У 1867 Аўстрыйская імперыя была ператворана ў Аўстра-Венгрыю і славацкія землі ўвайшлі ў склад венгерскай Транслейтании, у выніку чаго ціск венгерскіх уладаў на славакаў ўзмацніўся. У 1875 годзе была распушчаная трамай славацкая, а пазней і іншыя нацыянальныя арганізацыі. У 1890-я гады паўстала канцэпцыя чехословакизма і славакі пачалі атрымліваць дапамогу ад чэхаў. У 1906 годзе паўстала першая славацкая партыя - умерана-нацыяналістычная Глинкова Славацкая Народная Партыя. З'яўленне славацкіх арганізацый узмацніла ціск з боку венграў і выклікала спробы узмоцненай мадьяризации славакаў, якія працягваліся аж да распаду Аўстра-Венгрыі ў лістападзе 1918.