Тэндай (c IX века)
В IX веке наибольшее влияние приобрели две новые школы, привезённые из Китая: Тэндай-сю (яп. 天台宗) и Сингон-сю (яп. 真言宗). Эти школы привлекали многочисленных сторонников, но не столько своими сложными философскими построениями, сколько красочными и торжественными ритуалами, предназначавшимися для достижения всевозможных мирских благ. Непререкаемым авторитетом пользовались школы Тэндай-сю и Сингон-сю при императорском дворе.
Школу Тэндай оcновал в VIII веке монах Сайтё (767—822). Он родился в Японии, но принадлежал к семье китайских эмигрантов. Религиозное образование он получил в храме Дайандзи, где и увлекся медитацией. Оплот Тэндай — монастырь Энряку-дзи на горе Хиэй близ Киото, включавший более 3000 строений, со временем превратился в мощную крепость. Игнорируя буддийские заповеди, тэндайские монахи с оружием в руках вели борьбу с идейными противниками, преимущественно внутри собственной школы, нередко сжигали монастыри, осаждали Киото и Нару, требуя поддержки монастырей, и наводили ужас на столичное население, также вмешивались в политическую жизнь страны.
Основателем Сингона является монах Кукай(774—835) из рода Сёти. Его дядя был наставником японского принца, и учил своего племянника конфуцианству наряду с будущим правителем. Кукай занимался также соотнесением синтоиских богов с буддийским пантеоном, разработал теорию «Рёбу-синто», что означает «двоякий путь богов».Идея его теории заключалась в том, что синтоиские божества — это японское проявление Будд и бодхисатв. Главная сутра Сингона — «Сутра большого света». Центр Сингон-сю находится на горе Коя-сан в провинции Кии (совр. Вакаяма), был не менее внушительным, однако приверженцы этой школы предпочитали не прибегать к военной силе.
Школы Чистой Земли (с XI века)
Тион-ин (Дзёдо)
С середины XI века в Японии получили широкое распространение идеи о наступлении эпохи «конца Закона» (маппо), что явилось мощным стимулом поисков новых и более эффективных средств, которые позволяли бы достичь быстрого и гарантированного спасения. Пришедшее из Китая учение о Западном Рае или «Чистой земле» (Дзёдо), где пребывает будда Амитабха (яп. Амида), давший «изначальный обет» (хонган) спасти всякого, кто обратится к нему с искренним призывом о помощи, легло в основу нескольких амидаистских школ (см. Амидаизм). Ренин (1073—1132) основал школу Юдзу-нэмбуцу (яп. 融通念仏宗), Хонэн (1133—1212) — школу Дзёдо-сю, его ученик Синран (1173—1263) — Дзёдо-синсю, а Иппэн (1239—1289) — школу Дзи-сю ((яп. 時宗)). Эти школы различались в интерпретации конкретных методов, ведущих к спасению, но все они признавали преимущество спасения при помощи чужой силы перед спасением через «собственную силу», а наиболее эффективной практикой считали нэмбуцу — непрерывное произнесение формулы «Наму Амида Буцу!» («Слава будде Амида!»).
Дзэн (с XII века) как школа
В конце XII века из Китая в Японию пришло учение школы дзэн. Родоначальником направления Риндзай-сю был Эйсай (1149—1215). Очень скоро Риндзай-сю завоевал в Японии прочные симпатии, прежде всего в среде самурайства и в императорском окружении, фактически превратившись в официально покровительствуемую идеологию. Почти все монастыри этого направления входили в иерархическую систему годзан (буквально «пяти гор»), находившуюся под непосредственным правительственным контролем. Монастыри годзан стали крупными центрами культуры, а проживавшие в них монахи были не только хранителями знаний, но и создателями литературы на китайском языке, получившей название годзан бунгаку («литература пяти монастырей»). Вплоть до начала XVI века интеллектуальная гегемония монахов годзан была почти полной.