Финансовые средства государственной системы ОМС формируются за счет целевых обязательных платежей страхователей: Из бюджетов субъектов Российской Федерации отчисляются средства на ОМС за неработающее население. Органы государственного управления в регионах отвечают за внесение платежей. Плательщиками страховых взносов ОМС за работающих граждан являются работодатели. Тарифы страховых взносов устанавливаются на федеральном уровне. До 2001 года они составляли 3,6% заработной платы застрахованных. Участие работников в выплате страховых взносов в настоящее время не предусмотрено.
Финансовые средства из обоих источников аккумулируются в Федеральном и территориальных фондах ОМС — самостоятельных государственных некоммерческих финансово-кредитных учреждениях. Эти фонды предназначены для обеспечения финансовой стабильности системы ОМС. Они отвечают за деловое использование аккумулированных денежных средств и служат инструментом государственного регулирования в системы ОМС.
Страховые медицинские организации оплачивают оказание медицинской помощи (по программе ОМС) застрахованным, предоставляемой медицинскими учреждениями, работающими в системе ОМС.