2). Навука і рэлігія.
Каніскі не толькі выступае супраць асноўнага тэзіса рэлігіі - падпарадкаванне розуму веры, навукі - рэлігіі, але і смела прызнае довады навукі вышэй догмаў Святога Пісання: спадзяваньне на ўсемагутнасць бога ўжо не задавальняе прафесара. Каніскі таксама выводзіць, што Бог існуе не толькі ў чалавечай галаве як самае высокае дасканаласць, але і валодае рэальным быццём. Рыгор Каніскі паглыбляе ў сваім філасофскім курсе тэндэнцыю рацыяналістычнага інтэрпрэтацыі Бібліі, на падставе дадзеных доследнай навукі выкрывае супярэчнасці Святога Пісання, сцвярджаючы, што яно не мае нічога агульнага з навуковым веданнем і таму не можа прэтэндаваць на давер. Адзіная перашкода для шырокага прызнання вучэнні Каперніка і Галілея, якому Каніскі сімпатызаваў, ён бачыць у догмах Святога пісання. Становішча Каніскага - прафесара акадэміі - абавязвала і яго лічыцца са Святым пісаннем (тым больш, што ў часы Лізаветы Пятроўны пачалося адкрытае ганеньне на прагрэсіўную навуку). Таму вывучэнне геліяцэнтрычнай сістэмы свету ён вымушаны абвясціць толькі вывучэннем з пазнавальнай мэтай. Сваім стаўленнем да ідэй Каперніка і Галілея прафесар падкрэслівае, што ён шануе аб'ектыўную навуковую ісціну насуперак прадузятым перакананнях, асуджае тэалагічныя догмы, адмаўляе іх зусім, калі гаворка ідзе пра рэчы і з'явы, даследаваных навукай. Такім чынам, Каніскі-навуковец цалкам на баку навукі. Але як духоўную асобу ён быў абавязаны абараняць і прапагандаваць дагматы рэлігіі, і вось якім чынам вучыць ён падыходзіць да Святога пісанню: "Дадзеныя жа Святога пісання ня трэба ўспрымаць у іх прамым значэнні, як здаецца многім; ... маецца на ўвазе, што гэта сказана ў адпаведнасці з думкай простых людзей, ... многае іншае перадаем так, як яно нам здаецца, хоць і ведаем, што ў рэчаіснасці ўсё па-іншаму. Аднак я павінен сказаць, што можна і трэба такім спосабам тлумачыць многія месцы Святога пісання, калі да гэтага нас падахвочвае вялікая навука ". Гэта і падобныя яму выказванні прафесара кажуць аб ўсведамленні ім свайго становішча паднявольным манаха. Вырашаючы пытанне, ці можа цела адначасова знаходзіцца ў двух месцах, Каніскі прама заяўляе аб гэтым: "Я б ахвотна далучыўся да адмоўнага рашэньня, калі б не аддаў свой розум у палон веры". Каніскі, апавядаючы слухачам аб руху, прыродзе і форме планет, аб іх святленні карыстаўся дадзенымі найноўшых у той час даследаванняў астраномаў. Усе планеты ў ягоным уяўленні круглыя і сферычныя. Сонца складаецца з цвёрдай матэрыі тыпу азбесту, якая, будучы запалена, ніколі не згасае. Плямы на Сонца ён тлумачыць наяўнасцю там іншароднай вогненнай матэрыі. У пастаянным гарэнні матэрыя Сонца не знішчаецца, як не знішчаецца Зямля ў сваіх пастаянных зменах. Плямы, якія мы бачым на Месяцы, назіраючы яе ў тэлескоп, - гэта горы. Таксама выглядала б Зямля, калі зірнуць на яе ў тэлескоп з Месяца. Тлумачачы розныя змены ў матэрыяльным свеце, працэсы і з'явы ў прыродзе, Каніскі спрабуе абыйсціся без ўмяшання тагасветных сіл, прычыны гэтых працэсаў і з'яў бачыць ён у самой прыродзе. У яго натурфіласофіі няма месца таямнічым з'явам, цудам - усё мае сваю натуральную прычыну. Землятрусу, прылівы і адлівы, паходжанне рэк, азёр, мораў, розныя атмасферныя з'явы і працэсы - ва ўсім гэтым няма таямніцы, у прыродзе ўсё адбываецца з неабходнасцю і ўсё можна спазнаць, а таксама растлумачыць шляхам натуральных прычын. Хоць стварэнне чалавека богам з'яўляецца для прафесара бясспрэчным фактам, аднак стварэнне іншых жывых істот для яго сумнеўна, як наогул сумнеўна "тварэнне з нічога" - высновы, заснаваныя на дасягненнях біялогіі і фізіялогіі. Даследаванні навукоўцаў-прыродазнаўцаў, на якіх грунтуецца вызваленне навукі ад рэлігійна-ідэалістычных і містычна-метафізічных канцэпцый, спрыяюць сцвярджэнню ў філасофскім вучэнні Каніскага даверу да навукі. Вера ў магутнасьць навукі была адной з асноў яго светаўспрымання, і менавіта яна спрыяе пераходу ад гледзішча здаровага сэнсу да навукова абгрунтаваных, рацыяналістычны, рацыянальна даказаным сцвярджэннях. Толькі тое лічыць Каніскі неабвержнай ісцінай, што пацвярджаецца навуковым эксперыментам, доказам у практыцы. Голословно "так хоча бог" ён замяняе доказамi ў "такая заканамернасць прыроды". Толькі ў выпадку, калі ў навуцы таго часу немагчыма было знайсці дастаткова рацыянальна абгрунтаванага доваду, Каніскі звяртаецца да адкрыцьця: "Увогуле, да бога звяртаюцца тады, калі прычыны з'яў невядомыя ..."