- •Компьютерная технология квантово-химических расчетов с помощью программного пакета “gaussian” Методическое пособие
- •Введение
- •Строение электронной оболочки атома
- •Волновая функция электрона и стационарное уравнение Шредингера
- •1.2 Решение уравнения Шредингера для атома водорода и водородоподобных атомов
- •1.3 Многоэлектронные атомы
- •Аналитические аппроксимации атомных орбиталей и атомные базисные наборы
- •Атомные псевдопотенциалы
- •II. Теория электронного строения молекул
- •2.1 Метод молекулярных орбиталей (мо лкао)
- •В заключение этого раздела необходимо обратить внимание еще на одно весьма важное обстоятельство.
- •2.2 Теория возмущений Мёллера-Плессе
- •2.3 Теория функционала плотности
- •2.4 Полуэмпирические методы квантовой химии
- •2.5 Модель реакционного поля для учета эффектов сольватации
- •III. Порядок работы с программным пакетом квантово-химических расчетов “ гауссиан”
- •3.1 Структура файла исходных данных
- •0 1 (Спецификация молекулы)
- •Variables:
- •3.2 Структура выходного файла
- •Variables:
- •Initialization pass.
- •Isotopes: n-14,h-1,h-1,h-1
- •Item Value Threshold Converged? Maximum Force .043925 .000450 no
- •Virtual (a1) (e) (e) (e) (e) (a1) (a1) (e) (e) (a1)
- •Ir Inten -- 381.2474 22.7331 22.7331
- •22.61138 (Kcal/Mol)
- •Vibrational temperatures: 1230.35 2673.15 2673.15 5243.52 5468.34
- •Vibrational 22.653 .605 .172
- •3.3 Алгоритм составления z-матрицы
- •3.3.1. Использование внутренних координат атомов.
- •Variables:
- •Variables:
- •3.3.2 Использование декартовых координат атомов.
- •3.3.3 Смешанное использование внутренних и декартовых координат.
- •Variables:
- •3.3.4 Использование псевдоатомов.
- •Variables:
- •IV. Оптимизация молекулярной геометрии
- •Расчет молекулы при фиксированной геометрии
- •Оптимизация геометрии
- •V. Расчет путей химических реакций
- •5.1 Поверхность потенциальной энергии реакций
- •5.2 Поиск переходного состояния.
- •Variables:
- •Variable Old X -de/dx Delta X Delta X Delta X New X
- •Item Value Threshold Converged?
- •Variable Old X -de/dx Delta X Delta X Delta X New X
- •Item Value Threshold Converged?
- •Ir Inten -- 18.4533 18.9748 128.0921
- •1 Imaginary frequencies ignored.
- •Variables:
- •Variables:
- •Iteration 8
- •I X gradient displacement newx
- •Item value threshold converged?
- •Ir Inten -- 18.5781 18.9228 128.1958
- •1 Imaginary frequencies ignored.
- •5.3 Расчет пути химической реакции.
- •Irc calculation in mass-weighted internal coordinates
- •Variables:
- •VI. Учет влияния эффектов сольватации
- •Version: matrix inversion
- •174 Tesserae over a maximum of 1500
- •VII. Дополнительные сведения
- •7.1. Порядок следования разделов в исходном файле
- •7.2. Методы расчета, реализованные в Гауссиане
- •7.3. Встроенные базисные наборы и псевдопотенциалы атомов
- •7.4. Наиболее часто употребляемые директивы
- •7.4.1 Опции директивы Opt
- •7.4.2 Опции директивы Freq
- •7.4.3 Опции директивы scrf
- •7.4.4 Опции директивы scf
- •7.4.5 Опции директивы Pop
- •7.4.6 Опции директивы Guess
- •7.4.7 Опции директивы Geom
- •7.4.8 Опции директивы irc
- •7.5. Задание базисных наборов и псевдопотенциалов во входном файле
- •VIII. Заключение
V. Расчет путей химических реакций
5.1 Поверхность потенциальной энергии реакций
Современные квантово-химические методы позволяют описать не только свойства одной отдельно взятой молекулы (как в газовой фазе, так и в растворителе), но и элементарные акты химических реакций между молекулярными частицами.
Стационарная точка является максимумом на поверхности потенциальной энергии (ППЭ), если все собственные значения Гессиана в этой точке отрицательны, т.е. смещение из этой точки вдоль любого направления приводит к уменьшению значения потенциальной энергии. Стационарная точка, в которой Гессиан имеет только одно отрицательное собственное значение, называется седловой точкой 1-го порядка (в дальнейшем просто седловая точка). Эта точка является максимумом вдоль направления отрицательного собственного значения Гессиана и минимумом вдоль направлений остальных (положительных) собственных значений этой матрицы. На рис.4.2.1 схематично изображена часть простейшей ППЭ, имеющей перечисленные выше стационарные точки, для системы с двумя степенями свободы. Элементарный акт химической реакции обычно рассматривают как движение системы реагирующих частиц по ППЭ из одного минимума в другой вдоль наиболее выгодной в энергетическом отношении траектории2. Очевидно, что такая траектория, называемая путем реакции, проходит по дну долины, связывающей два минимума через седловую точку. Среди множества траекторий перемещения по ППЭ из одного минимума в другой именно эта траектория будет обладать минимальной высотой энергетического барьера. Структура с расположением ядер, отвечающим седловой точке, называется переходным состоянием. Расстояние вдоль пути реакции от некоторой начальной точки называется координатой реакции S, а сечение ППЭ по координате реакции - энергетическим профилем химической реакции. По нему можно оценить высоту барьера, который необходимо преодолеть при осуществлении как прямой, так и обратной реакции, т.е. оценить энергии активации этих реакций. Очевидно, что в простейшем случае, например для ППЭ, изображенной на рис.4.2.1, энергетический профиль реакции имеет вид, представленный на рис.5.1.1:
Рис. 5.1.1
Энергетический профиль реакции вдоль координаты реакции.
Для большинства систем реагирующих частиц ППЭ имеют более сложную структуру. На них может быть множество минимумов, максимумов и седловых точек. В таком случае реакция может протекать многостадийно через различные переходные состояния по нескольким направлениям, приводящим либо к одним и тем же конечным продуктам (т.е. может существовать несколько механизмов превращения исходных реагентов в продукты реакции), либо к различным конечным продуктам.
Отметим, что ППЭ можно построить и для любой многоатомной молекулы. Наличие на этой поверхности нескольких минимумов говорит о существовании для данной молекулы геометрических или инверсионных изомеров. Переход одной изомерной формы в другую осуществляется вдоль пути реакции, проходящего через соответствующую этому переходу седловую точку. Рассчитав путь реакции изомеризации и построив ее энергетический профиль, можно оценить энергии активации процесса в прямом и обратном направлении.
Расчет пути химической реакции на ППЭ как многоатомной молекулы, так и системы реагирующих частиц происходит в два этапа:
1. Поиск переходного состояния (локализация седловой точки на ППЭ);
2. Спуск из седловой точки по пути реакции к точкам на ППЭ, отвечающим исходным реагентам и продуктам реакции. Построение энергетического профиля реакции.
В следующих двух разделах будет рассмотрено, какими средствами обладает программный пакет Гауссиан для решения этих двух задач, а также показано на конкретных примерах использование реализованных в нем алгоритмов и процедур.
