Практика_3_БИ_М_2014
.pdf
Step 3
((((((n1GYC_A_PDBID_CHAIN_SEQUENCE_TRAMETES_VERSICOLOR:0.0020898673, gi_636603205_ref_XP_008032737.1_laccase_I_Trametes_versicolor_FP:0.0087826181) 0.9940000000:0.0941885052,(LacD_Trametes_hirsuta:0.2603273901, LacE_Trametes_hirsuta:0.0905592538)0.5300000000:0.0540510810) 0.9560000000:0.0708215604, ((n1KYA_A_PDBID_CHAIN_SEQUENCE_TRAMETES_VERSICOLOR:0.0000003744, gi_636602959_ref_XP_008032614.1_laccase_B_precursor_Trametes_ver:0.0026452468) 0.9960000000:0.0790223541,LacA_Trametes_hirsuta:0.0802401443) 0.9820000000:0.0796920784)0.9900000000:0.1197269329, (gi_636609663_ref_XP_008035966.1_laccase_Trametes_versicolor_FP-1:0.1490085788, (LacB_Trametes_hirsuta:0.1185559495, gi_636609661_ref_XP_008035965.1_laccase-4_Trametes_versicolor_FP:0.2034952743) 0.4080000000:0.0315432676)0.9750000000:0.1007412245)1.0000000000:0.2966572602, LacC_Trametes_hirsuta:0.1659112860)0.9280000000:0.0570101589, gi_636614197_ref_XP_008038233.1_TvLac6_Trametes_versicolor_FP-10:0.1298520185,
gi_636614307_ref_XP_008038288.1_TvLac7_Trametes_versicolor_FP-10:0.0829241807);
Скобочная формула (Newick format)
5.2 7.5
|
5.5 |
7.7 |
6.3 |
|
|
|
|||
|
|
|
||
3.2 |
|
|
6.1 |
|
C |
|
E |
B |
|
8.0 |
A |
|||
|
|
|||
|
|
|
D
(((C,D),E)),(A,B)); только топология
(((C:3.2,D:8.0):5.5,E:7.7):5.2,(A:6.1,B:6.3):7.5);
длины ветвей
Задание на дом
Построить филогенетическое дерево (использовать последовательности, которые использовали прошлый раз)
-неукоренное
-Укоренное (добавить аут-последовательность)
Сравните деревья, полученные с использованием двух программ
Описать полученные результаты (какие клады у вас получились)